通常、phpを書く時はHTMLとの混合で書いたりします。そういう場合は
</body>
<?php
.....
.....
.....
?>
</body>
のように<?php ?>で囲んでいると思います。
数ヶ月前ですが、symfonyのTimelineを見ると、ほぼ全てのファイルで「?>」が取り除かれていました。
Changeset 1415
http://www.symfony-project.com/trac/changeset/1415
新手のイタズラかと思いましたが、その後メーリングリストで同じ疑問を持った人が質問をし、開発者の方から
「phpオンリーの時は、<?php だけでいい。そうすることで下手なバッファが発生しない」
http://framework.zend.com/manual/en/coding-standard.php-file-formatting.html
と、自分にはとても衝撃的な回答がありました。
そういえば、phpオンリーなのに「?>」の下に改行を入れてしまい「header already sent」 エラーを発生させ、解決に一苦労している時期がありました。「?>」が元々無ければこれすらも発生しないって事なですね (phpオンリーのファイルに限る)